Здравствуйте, White_Wolf.
Подумайте сами: если искусственно ограничить нагрузку на процессор, значит полное сканирование будет занимать большее количество времени, что вам также наверняка не понравится
Вообще, здесь множество факторов - у кого-то скорость сканирования упирается в производительность процессора (это ваш случай), у кого-то в производительность дисковой подсистемы (процессор загружен ~50%, зато винты шуршат вовсю), а у кого-то в количество свободной оперативной памяти (при этом яро работает файл подкачки) и т.п.
Могу вам порекомендовать в настройках сканирования выставить "Не проверять объекты размером более 1024 мб" (ну или ещё меньшим размером на ваше усмотрение) - как минимум в этой ситуации уйдут модные нынче репаки инсталляций игр (в которых данные жмутся весьма ресурсоемкими алгоритмами). Как правило, для распространения заразы злоумышленники выбирают менее тяжеловесные способы доставки. Ну а если что-то внутри нехорошее и хранится, оно будет отловлено монитором при распаковке (установке).
P.S.: а вот насчет охлаждения процессора и системы в целом стоит озаботиться. Не ровен час, во время какой игры\архивации\конвертирования видео (или иной тяжелой задачи) вы снова столкнетесь с проблемой перегрева.